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中国科学院计算技术研究所机构知识库
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作者:Zhao, Yi
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DeepFusion: A deep bimodal information fusion network for unraveling protein-RNA interactions using in vivo RNA structures
期刊论文
COMPUTATIONAL AND STRUCTURAL BIOTECHNOLOGY JOURNAL, 2024, 卷号: 23, 页码: 617-625
作者:
Qiao, Yixuan
;
Yang, Rui
;
Liu, Yang
;
Chen, Jiaxin
;
Zhao, Lianhe
;
Huo, Peipei
;
Wang, Zhihao
;
Bu, Dechao
;
Wu, Yang
;
Zhao, Yi
收藏
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浏览/下载:6/0
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提交时间:2024/05/20
Information fusion
Deep learning
RNA -binding proteins
In vivo RNA structures
Motifs
Benchmarking spatial clustering methods with spatially resolved transcriptomics data
期刊论文
NATURE METHODS, 2024, 页码: 25
作者:
Yuan, Zhiyuan
;
Zhao, Fangyuan
;
Lin, Senlin
;
Zhao, Yu
;
Yao, Jianhua
;
Cui, Yan
;
Zhang, Xiao-Yong
;
Zhao, Yi
收藏
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浏览/下载:5/0
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提交时间:2024/05/20
Optical Genome Mapping Reveals the Landscape of Structural Variations and Their Clinical Significance in HBOC-Related Breast Cancer
期刊论文
FRONTIERS IN BIOSCIENCE-LANDMARK, 2024, 卷号: 29, 期号: 1, 页码: 1-15
作者:
Cheng, Yanan
;
Dong, Li
;
Bu, Dechao
;
Han, Lei
;
Zhao, Yi
;
Liu, Juntian
;
Guo, Xiaojing
;
Xu, Hanli
;
Yu, Jinpu
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浏览/下载:4/0
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提交时间:2024/05/20
HBOC
breast cancer
optical genome mapping
structural variation
BRCA1/2
chromothripsis
Streamlining spatial omics data analysis with Pysodb
期刊论文
NATURE PROTOCOLS, 2023, 页码: 72
作者:
Lin, Senlin
;
Zhao, Fangyuan
;
Wu, Zihan
;
Yao, Jianhua
;
Zhao, Yi
;
Yuan, Zhiyuan
收藏
  |  
浏览/下载:4/0
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提交时间:2024/05/20
Local Feature Matters: Cascade Multi-Scale MLP for Edge Segmentation of Medical Images
期刊论文
IEEE TRANSACTIONS ON NANOBIOSCIENCE, 2023, 卷号: 22, 期号: 4, 页码: 828-835
作者:
Lv, Jinkai
;
Hu, Yuyong
;
Fu, Quanshui
;
Hu, Yuqiang
;
Lv, Lin
;
Yang, Guoqing
;
Li, Jinpeng
;
Zhao, Yi
收藏
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浏览/下载:11/0
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提交时间:2023/12/04
MLP
medical image segmentation
semantic segmentation
Genomic and transcriptomic profiling indicates the prognosis significance of mutational signature for TMB-high subtype in Chinese patients with gastric cancer
期刊论文
JOURNAL OF ADVANCED RESEARCH, 2023, 卷号: 51, 页码: 121-134
作者:
Cheng, Yanan
;
Bu, Dechao
;
Zhang, Qiaoling
;
Sun, Rebecca
;
Lyle, Stephen
;
Zhao, Gang
;
Dong, Li
;
Li, Hui
;
Zhao, Yi
;
Yu, Jinpu
;
Hao, Xishan
收藏
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浏览/下载:11/0
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提交时间:2023/12/04
Gastric cancer
Comprehensive genomic profiling
TMB
Mutational signature
Tumor metabolism
Biological knowledge graph-guided investigation of immune therapy response in cancer with graph neural network
期刊论文
BRIEFINGS IN BIOINFORMATICS, 2023, 卷号: 24, 期号: 2, 页码: 9
作者:
Zhao, Lianhe
;
Qi, Xiaoning
;
Chen, Yang
;
Qiao, Yixuan
;
Bu, Dechao
;
Wu, Yang
;
Luo, Yufan
;
Wang, Sheng
;
Zhang, Rui
;
Zhao, Yi
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浏览/下载:10/0
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提交时间:2023/12/04
immune checkpoints inhibitors
deep learning
graph neural networks
Insights into the role of long non-coding RNAs in DNA methylation mediated transcriptional regulation
期刊论文
FRONTIERS IN MOLECULAR BIOSCIENCES, 2022, 卷号: 9, 页码: 23
作者:
Yang, Zhen
;
Xu, Feng
;
Teschendorff, Andrew E.
;
Zhao, Yi
;
Yao, Lei
;
Li, Jian
;
He, Yungang
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提交时间:2023/07/12
lncRNA
circRNA
DNA methylation
histone modification
transcriptional regulation
regulatory network
dbDEMC 3.0: Functional Exploration of Differentially Expressed miRNAs in Cancers of Human and Model Organisms
期刊论文
GENOMICS PROTEOMICS & BIOINFORMATICS, 2022, 卷号: 20, 期号: 3, 页码: 446-454
作者:
Xu, Feng
;
Wang, Yifan
;
Ling, Yunchao
;
Zhou, Chenfen
;
Wang, Haizhou
;
Teschendorff, Andrew E.
;
Zhao, Yi
;
Zhao, Haitao
;
He, Yungang
;
Zhang, Guoqing
;
Yang, Zhen
收藏
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浏览/下载:15/0
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提交时间:2023/07/12
MicroRNA
Cancer
Differential expression
Model organism
Database
piRBase: integrating piRNA annotation in all aspects
期刊论文
NUCLEIC ACIDS RESEARCH, 2022, 卷号: 50, 期号: D1, 页码: D265-D272
作者:
Wang, Jiajia
;
Shi, Yirong
;
Zhou, Honghong
;
Zhang, Peng
;
Song, Tingrui
;
Ying, Zhiye
;
Yu, Haopeng
;
Li, Yanyan
;
Zhao, Yi
;
Zeng, Xiaoxi
;
He, Shunmin
;
Chen, Runsheng
收藏
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浏览/下载:24/0
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提交时间:2022/12/07