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PepPre: Promote Peptide Identification Using Accurate and Comprehensive Precursors 期刊论文
JOURNAL OF PROTEOME RESEARCH, 2023, 卷号: 23, 期号: 2, 页码: 574-584
作者:  Tarn, Ching;  Wu, Yu-Zhuo;  Wang, Kai-Fei
收藏  |  浏览/下载：12/0  |  提交时间：2024/05/20
mass spectrometry  peptide identification  precursor ion detection  deisotope  linear programming  
XAI-enabled neural network analysis of metabolite spatial distributions 期刊论文
ANALYTICAL AND BIOANALYTICAL CHEMISTRY, 2023, 页码: 12
作者:  Ma, Wenwu;  Luo, Lanfang;  Liang, Kun;  Liu, Taoyan;  Su, Jiali;  Wang, Yuefan;  Li, Jun;  Zhou, S. Kevin;  Shyh-Chang, Ng
收藏  |  浏览/下载：15/0  |  提交时间：2023/12/04
Mass spectrometry imaging  Deep neural networks  Feature extraction  Pathway analysis  Aging  
Validation Methods of Peptide Identification Results in Proteomics* 期刊论文
PROGRESS IN BIOCHEMISTRY AND BIOPHYSICS, 2023, 卷号: 50, 期号: 1, 页码: 109-125
作者:  Zhou Wen-Jing;  Zeng Wen-Feng;  Chi Hao;  He Si-Min
收藏  |  浏览/下载：16/0  |  提交时间：2023/12/04
proteomics  mass spectrometry  target-decoy approach  false discovery rate  validation methods  
Validation Methods of Peptide Identification Results in Proteomics br 期刊论文
PROGRESS IN BIOCHEMISTRY AND BIOPHYSICS, 2023, 卷号: 50, 期号: 1, 页码: 109-125
作者:  Zhou, Wen-Jing;  Zeng, Wen-Feng;  Chi, Hao;  He, Si-Min
收藏  |  浏览/下载：36/0  |  提交时间：2023/12/04
proteomics  mass spectrometry  target-decoy approach  false discovery rate  validation methods  
蛋白质组学肽段鉴定可信度评价方法 期刊论文
生物化学与生物物理进展, 2023, 卷号: 50, 期号: 1, 页码: 109
作者:  周文婧;  曾文锋;  迟浩;  贺思敏
收藏  |  浏览/下载：11/0  |  提交时间：2024/05/20
proteomics  mass spectrometry  target-decoy approach  false discovery rate  validation methods  蛋白质组学  质谱分析  目标-诱饵库方法  假发现率  可信度评价方法  
Recent Progress in Chemical Cross-linking Coupled With Mass Spectrometry 期刊论文
PROGRESS IN BIOCHEMISTRY AND BIOPHYSICS, 2022, 卷号: 49, 期号: 4, 页码: 737-758
作者:  Chen Zhen-Lin;  Cao Yong;  He Si-Min
收藏  |  浏览/下载：29/0  |  提交时间：2022/12/07
cross-linking mass spectrometry  protein structure  protein interaction  proteomics  mass spectrometry  
pValid 2: A deep learning based validation method for peptide identification in shotgun proteomics with increased discriminating power 期刊论文
JOURNAL OF PROTEOMICS, 2022, 卷号: 251, 页码: 9
作者:  Zhou, Wen-Jing;  Wei, Zhuo-Hong;  He, Si-Min;  Chi, Hao
收藏  |  浏览/下载：41/0  |  提交时间：2022/06/21
Proteomics  Tandem mass spectrometry  Retention time  Validation method  Deep learning  
HepParser: An Intelligent Software Program for Deciphering Low-Molecular-Weight Heparin Based on Mass Spectrometry 期刊论文
FRONTIERS IN CHEMISTRY, 2021, 卷号: 9, 页码: 13
作者:  Wang, Hui;  Wang, Yu;  Hou, Meijie;  Zhang, Chunming;  Wang, Yaojun;  Guo, Zhendong;  Bu, Dongbo;  Li, Yan;  Huang, Chuncui;  Sun, Shiwei
收藏  |  浏览/下载：45/0  |  提交时间：2021/12/01
LMWHs  mass spectrometry  glycosaminoglycans  isotopic distribution  computational method  
pDeepXL: MS/MS Spectrum Prediction for Cross-Linked Peptide Pairs by Deep Learning 期刊论文
JOURNAL OF PROTEOME RESEARCH, 2021, 卷号: 20, 期号: 5, 页码: 2570-2582
作者:  Chen, Zhen-Lin;  Mao, Peng-Zhi;  Zeng, Wen-Feng;  Chi, Hao;  He, Si-Min
收藏  |  浏览/下载：48/0  |  提交时间：2021/12/01
cross-linking mass spectrometry  spectrum prediction  deep learning  transfer learning  online fine-tuning  
Synergistic optimization of Liquid Chromatography and Mass Spectrometry parameters on Orbitrap Tribrid mass spectrometer for high efficient data-dependent proteomics 期刊论文
JOURNAL OF MASS SPECTROMETRY, 2020, 页码: 10
作者:  Huang, Peiwu;  Liu, Chao;  Gao, Weina;  Chu, Bizhu;  Cai, Zongwei;  Tian, Ruijun
收藏  |  浏览/下载：73/0  |  提交时间：2020/12/10
chromatography  data-dependent acquisition  label-free proteomics  mass spectrometry  precursor determination algorithm