Institute of Computing Technology, Chinese Academy IR
| 蛋白质组学肽段鉴定可信度评价方法 | |
| 周文婧; 曾文锋; 迟浩; 贺思敏 | |
| 2023 | |
| 发表期刊 | 生物化学与生物物理进展
 |
| ISSN | 1000-3282 |
| 卷号 | 50期号:1页码:109 |
| 摘要 | 蛋白质组学基于质谱数据鉴定肽段和蛋白质,从而给出基因表达的直接证据,帮助解析蛋白质的结构和功能,研究蛋白质与疾病的关系,提供靶向治疗方案,而这些都取决于鉴定的肽段和蛋白质的准确性。蛋白质组学常采用目标-诱饵库方法(target-decoy approach,TDA)对鉴定的肽段和蛋白质进行质量控制,并对其进行改进演化后应用到子类肽段(比如突变肽段和修饰肽段等)和交联肽段等特殊鉴定结果的可信度评价中。然而,TDA存在两个局限,即错误率估计值不够准确以及不能评价单个鉴定结果的可信度,经过TDA质量控制后的结果还需要进一步检验,因此领域内也提出了一系列其他方法(本文统称为Beyond-TDA方法),协同加强肽段的可信度评价。本文对数据依赖模式下采集的质谱数据肽段层面的TDA常规方法和特殊方法进行了综述,对Beyond-TDA方法进行了分类阐述,并总结了各种方法的优势与不足。 |
| 关键词 | proteomics mass spectrometry target-decoy approach false discovery rate validation methods 蛋白质组学 质谱分析 目标-诱饵库方法 假发现率 可信度评价方法 |
| 语种 | 英语 |
| 文献类型 | 期刊论文 |
| 条目标识符 | http://119.78.100.204/handle/2XEOYT63/37913 |
| 专题 | 中国科学院计算技术研究所 |
| 作者单位 | 中国科学院计算技术研究所 |
| 第一作者单位 | 中国科学院计算技术研究所 |
| 推荐引用方式 GB/T 7714 | 周文婧,曾文锋,迟浩,等. 蛋白质组学肽段鉴定可信度评价方法[J]. 生物化学与生物物理进展,2023,50(1):109. |
| APA | 周文婧,曾文锋,迟浩,&贺思敏.(2023).蛋白质组学肽段鉴定可信度评价方法.生物化学与生物物理进展,50(1),109. |
| MLA | 周文婧,et al."蛋白质组学肽段鉴定可信度评价方法".生物化学与生物物理进展 50.1(2023):109. |
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