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中国科学院计算技术研究所机构知识库
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中国科学院计算技术... [14]
作者
Chi, Hao [9]
He, Si-Min [9]
Zhou, Wen-... [9]
Zeng, Wen-... [8]
Yang, Hao [5]
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文献类型
期刊论文 [14]
发表日期
2023 [3]
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Validation Methods of Peptide Identification Results in Proteomics*
期刊论文
PROGRESS IN BIOCHEMISTRY AND BIOPHYSICS, 2023, 卷号: 50, 期号: 1, 页码: 109-125
作者:
Zhou Wen-Jing
;
Zeng Wen-Feng
;
Chi Hao
;
He Si-Min
收藏
  |  
浏览/下载:16/0
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提交时间:2023/12/04
proteomics
mass spectrometry
target-decoy approach
false discovery rate
validation methods
Validation Methods of Peptide Identification Results in Proteomics br
期刊论文
PROGRESS IN BIOCHEMISTRY AND BIOPHYSICS, 2023, 卷号: 50, 期号: 1, 页码: 109-125
作者:
Zhou, Wen-Jing
;
Zeng, Wen-Feng
;
Chi, Hao
;
He, Si-Min
收藏
  |  
浏览/下载:36/0
  |  
提交时间:2023/12/04
proteomics
mass spectrometry
target-decoy approach
false discovery rate
validation methods
蛋白质组学肽段鉴定可信度评价方法
期刊论文
生物化学与生物物理进展, 2023, 卷号: 50, 期号: 1, 页码: 109
作者:
周文婧
;
曾文锋
;
迟浩
;
贺思敏
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浏览/下载:11/0
  |  
提交时间:2024/05/20
proteomics
mass spectrometry
target-decoy approach
false discovery rate
validation methods
蛋白质组学
质谱分析
目标-诱饵库方法
假发现率
可信度评价方法
pValid 2: A deep learning based validation method for peptide identification in shotgun proteomics with increased discriminating power
期刊论文
JOURNAL OF PROTEOMICS, 2022, 卷号: 251, 页码: 9
作者:
Zhou, Wen-Jing
;
Wei, Zhuo-Hong
;
He, Si-Min
;
Chi, Hao
收藏
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浏览/下载:41/0
  |  
提交时间:2022/06/21
Proteomics
Tandem mass spectrometry
Retention time
Validation method
Deep learning
MS/MS Spectrum Prediction for Modified Peptides Using pDeep2 Trained by Transfer Learning
期刊论文
ANALYTICAL CHEMISTRY, 2019, 卷号: 91, 期号: 15, 页码: 9724-9731
作者:
Zeng, Wen-Feng
;
Zhou, Xie-Xuan
;
Zhou, Wen-Jing
;
Chi, Hao
;
Zhan, Jianfeng
;
He, Si-Min
收藏
  |  
浏览/下载:85/0
  |  
提交时间:2019/12/10
NF-kappa B-driven miR-34a impairs Treg/Th17 balance via targeting Foxp3
期刊论文
JOURNAL OF AUTOIMMUNITY, 2019, 卷号: 102, 页码: 96-113
作者:
Xie, Mengxiao
;
Wang, Jingzhe
;
Gong, Wen
;
Xu, Huiling
;
Pan, Xiaoyuan
;
Chen, Yunpeng
;
Ru, Songwei
;
Wang, Hui
;
Chen, Xiaodan
;
Zhao, Yi
;
Li, Jing
;
Yin, Qing
;
Xia, Sheng
;
Zhou, Xiaoming
;
Liu, Xia
;
Shao, Qixiang
收藏
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浏览/下载:80/0
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提交时间:2019/12/10
A high-speed search engine pLink 2 with systematic evaluation for proteome-scale identification of cross-linked peptides
期刊论文
NATURE COMMUNICATIONS, 2019, 卷号: 10, 页码: 12
作者:
Chen, Zhen-Lin
;
Meng, Jia-Ming
;
Cao, Yong
;
Yin, Ji-Li
;
Fang, Run-Qian
;
Fan, Sheng-Bo
;
Liu, Chao
;
Zeng, Wen-Feng
;
Ding, Yue-He
;
Tan, Dan
;
Wu, Long
;
Zhou, Wen-Jing
;
Chi, Hao
;
Sun, Rui-Xiang
;
Dong, Meng-Qiu
;
He, Si-Min
收藏
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浏览/下载:102/0
  |  
提交时间:2019/12/10
pNovo 3: precise de novo peptide sequencing using a learning-to-rank framework
期刊论文
BIOINFORMATICS, 2019, 卷号: 35, 期号: 14, 页码: I183-I190
作者:
Yang, Hao
;
Chi, Hao
;
Zeng, Wen-Feng
;
Zhou, Wen-Jing
;
He, Si-Min
收藏
  |  
浏览/下载:80/0
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提交时间:2019/12/10
pValid: Validation Beyond the Target-Decoy Approach for Peptide Identification in Shotgun Proteomics
期刊论文
JOURNAL OF PROTEOME RESEARCH, 2019, 卷号: 18, 期号: 7, 页码: 2747-2758
作者:
Zhou, Wen-Jing
;
Yang, Hao
;
Zeng, Wen-Feng
;
Zhang, Kun
;
Chi, Hao
;
He, Si-Min
收藏
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浏览/下载:256/0
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提交时间:2019/08/16
tandem mass spectrometry
target-decoy approach
validation methods
false-positive rate
false-negative rate
Comprehensive identification of peptides in tandem mass spectra using an efficient open search engine
期刊论文
NATURE BIOTECHNOLOGY, 2018, 卷号: 36, 期号: 11, 页码: 1059-+
作者:
Chi, Hao
;
Liu, Chao
;
Yang, Hao
;
Zeng, Wen-Feng
;
Wu, Long
;
Zhou, Wen-Jing
;
Wang, Rui-Min
;
Niu, Xiu-Nan
;
Ding, Yue-He
;
Zhang, Yao
;
Wang, Zhao-Wei
;
Chen, Zhen-Lin
;
Sun, Rui-Xiang
;
Liu, Tao
;
Tan, Guang-Ming
;
Dong, Meng-Qiu
;
Xu, Ping
;
Zhang, Pei-Heng
;
He, Si-Min
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浏览/下载:95/0
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提交时间:2019/08/16