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中国科学院计算技术研究所机构知识库
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Chen, Yu [8]
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共8条,第1-8条
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作者:Chen, Yu
第一作者
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85
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PIXER: an automated particle-selection method based on segmentation using a deep neural network
期刊论文
BMC BIOINFORMATICS, 2019, 卷号: 20, 页码: 14
作者:
Zhang, Jingrong
;
Wang, Zihao
;
Chen, Yu
;
Han, Renmin
;
Liu, Zhiyong
;
Sun, Fei
;
Zhang, Fa
收藏
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浏览/下载:77/0
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提交时间:2019/04/03
Cryo-electron microscope
Single-particle analysis
Deep learning
Particle selection
Segmentation
AutoGDeterm: Automatic Geometry Determination for Electron Tomography
期刊论文
TSINGHUA SCIENCE AND TECHNOLOGY, 2018, 卷号: 23, 期号: 4, 页码: 369-376
作者:
Chen, Yu
;
Wang, Zihao
;
Li, Lun
;
Zhang, Jingrong
;
Wan, Xiaohua
;
Sun, Fei
;
Zhang, Fa
收藏
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浏览/下载:71/0
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提交时间:2019/12/10
electron tomography
geometry determination
human intervention
full automation
AutoGDeterm
comparable accuracy
ICON-MIC: Implementing a CPU/MIC Collaboration Parallel Framework for ICON on Tianhe-2 Supercomputer
期刊论文
JOURNAL OF COMPUTATIONAL BIOLOGY, 2017, 页码: 12
作者:
Wang, Zihao
;
Chen, Yu
;
Zhang, Jingrong
;
Li, Lun
;
Wan, Xiaohua
;
Liu, Zhiyong
;
Sun, Fei
;
Zhang, Fa
收藏
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浏览/下载:61/0
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提交时间:2019/12/10
electron tomography
hybrid task allocation strategy
ICON
MIC acceleration
parallel NUFFT
Tianhe-2 supercomputer
AuTom: A novel automatic platform for electron tomography reconstruction
期刊论文
JOURNAL OF STRUCTURAL BIOLOGY, 2017, 卷号: 199, 期号: 3, 页码: 196-208
作者:
Han, Renmin
;
Wan, Xiaohua
;
Wang, Zihao
;
Hao, Yu
;
Zhang, Jingrong
;
Chen, Yu
;
Gao, Xin
;
Liu, Zhiyong
;
Ren, Fei
;
Sun, Fei
;
Zhang, Fa
收藏
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浏览/下载:53/0
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提交时间:2019/12/12
Electron tomography
Alignment
Reconstruction
Image processing workflow
Electron tomography simulator with realistic 3D phantom for evaluation of acquisition, alignment and reconstruction methods
期刊论文
JOURNAL OF STRUCTURAL BIOLOGY, 2017, 卷号: 198, 期号: 2, 页码: 103-115
作者:
Wan, Xiaohua
;
Katchalski, Tsvi
;
Churas, Christopher
;
Ghosh, Sreya
;
Phan, Sebastien
;
Lawrence, Albert
;
Hao, Yu
;
Zhou, Ziying
;
Chen, Ruijuan
;
Chen, Yu
;
Zhang, Fa
;
Ellisman, Mark H.
收藏
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浏览/下载:58/0
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提交时间:2019/12/12
Electron
Microscope
Tomography
Simulator
Tilt
Series
Reconstruction
Tracking
Alignment
Block face
Inversion
Curvilinear
Warping
A Two-Phase Improved Correlation Method for Automatic Particle Selection in Cryo-EM
期刊论文
IEEE-ACM TRANSACTIONS ON COMPUTATIONAL BIOLOGY AND BIOINFORMATICS, 2017, 卷号: 14, 期号: 2, 页码: 316-325
作者:
Zhang, Fa
;
Chen, Yu
;
Ren, Fei
;
Wang, Xuan
;
Liu, Zhiyong
;
Wan, Xiaohua
收藏
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浏览/下载:58/0
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提交时间:2019/12/12
Particle selection
feature-based
template-matching
rotation-invariant feature
correlation score functions
ICON: 3D reconstruction with 'missing-information' restoration in biological electron tomography
期刊论文
JOURNAL OF STRUCTURAL BIOLOGY, 2016, 卷号: 195, 期号: 1, 页码: 100-112
作者:
Deng, Yuchen
;
Chen, Yu
;
Zhang, Yan
;
Wang, Shengliu
;
Zhang, Fa
;
Sun, Fei
收藏
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浏览/下载:52/0
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提交时间:2019/12/13
Compressed sensing
Electron tomography
Missing wedge
NUFFT
Sub-tomogram averaging
FIRT: Filtered iterative reconstruction technique with information restoration
期刊论文
JOURNAL OF STRUCTURAL BIOLOGY, 2016, 卷号: 195, 期号: 1, 页码: 49-61
作者:
Chen, Yu
;
Zhang, Yan
;
Zhang, Kai
;
Deng, Yuchen
;
Wang, Shengliu
;
Zhang, Fa
;
Sun, Fei
收藏
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浏览/下载:54/0
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提交时间:2019/12/13
Algebra reconstruction technique
Electron tomography
Filtered iterative reconstruction technique
Information restoration
Nonlinear diffusion filter