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中国科学院计算技术研究所机构知识库
Institute of Computing Technology, Chinese Academy IR
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Chi, Hao [12]
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专题:中国科学院计算技术研究所期刊论文
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pValid 2: A deep learning based validation method for peptide identification in shotgun proteomics with increased discriminating power
期刊论文
JOURNAL OF PROTEOMICS, 2022, 卷号: 251, 页码: 9
作者:
Zhou, Wen-Jing
;
Wei, Zhuo-Hong
;
He, Si-Min
;
Chi, Hao
收藏
  |  
浏览/下载:39/0
  |  
提交时间:2022/06/21
Proteomics
Tandem mass spectrometry
Retention time
Validation method
Deep learning
pDeep3: Toward More Accurate Spectrum Prediction with Fast Few-Shot Learning
期刊论文
ANALYTICAL CHEMISTRY, 2021, 卷号: 93, 期号: 14, 页码: 5815-5822
作者:
Tarn, Ching
;
Zeng, Wen-Feng
收藏
  |  
浏览/下载:36/0
  |  
提交时间:2021/12/01
Open-pFind Verified Four Missing Proteins from Multi-Tissues
期刊论文
JOURNAL OF PROTEOME RESEARCH, 2020, 卷号: 19, 期号: 12, 页码: 4808-4814
作者:
Wu, Shujia
;
Sun, Jinshuai
;
Wang, Xi
;
Xu, Feng
;
Chi, Hao
;
Li, Yanchang
;
Zhong, Bowen
;
Xie, Yuping
;
Yan, Zhonghua
;
Chang, Lei
;
Wang, Dongxue
;
He, Fuchu
;
Wu, Junzhu
;
Zhang, Yao
;
Xu, Ping
收藏
  |  
浏览/下载:46/0
  |  
提交时间:2021/12/01
Chromosome-Centric Human Proteome Project
missing proteins
open-pFind
multiple tissues
GameTag: A New Sequence Tag Generation Algorithm Based on Cooperative Game Theory
期刊论文
PROTEOMICS, 2020, 页码: 9
作者:
Fei, Zhengcong
;
Wang, Kaifei
;
Chi, Hao
收藏
  |  
浏览/下载:58/0
  |  
提交时间:2020/12/10
cooperative game
deep learning
proteomics
sequence tag generation
Assessing the Relationship Between Mass Window Width and Retention Time Scheduling on Protein Coverage for Data-Independent Acquisition
期刊论文
JOURNAL OF THE AMERICAN SOCIETY FOR MASS SPECTROMETRY, 2019, 卷号: 30, 期号: 8, 页码: 1396-1405
作者:
Li, Wenxue
;
Chi, Hao
;
Salovska, Barbora
;
Wu, Chongde
;
Sun, Liangliang
;
Rosenberger, George
;
Liu, Yansheng
收藏
  |  
浏览/下载:78/0
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提交时间:2019/12/10
Data-independent acquisition
Isolation windows
Maxquant
pFind
Spectronaut
pNovo 3: precise de novo peptide sequencing using a learning-to-rank framework
期刊论文
BIOINFORMATICS, 2019, 卷号: 35, 期号: 14, 页码: I183-I190
作者:
Yang, Hao
;
Chi, Hao
;
Zeng, Wen-Feng
;
Zhou, Wen-Jing
;
He, Si-Min
收藏
  |  
浏览/下载:78/0
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提交时间:2019/12/10
Comprehensive identification of peptides in tandem mass spectra using an efficient open search engine
期刊论文
NATURE BIOTECHNOLOGY, 2018, 卷号: 36, 期号: 11, 页码: 1059-+
作者:
Chi, Hao
;
Liu, Chao
;
Yang, Hao
;
Zeng, Wen-Feng
;
Wu, Long
;
Zhou, Wen-Jing
;
Wang, Rui-Min
;
Niu, Xiu-Nan
;
Ding, Yue-He
;
Zhang, Yao
;
Wang, Zhao-Wei
;
Chen, Zhen-Lin
;
Sun, Rui-Xiang
;
Liu, Tao
;
Tan, Guang-Ming
;
Dong, Meng-Qiu
;
Xu, Ping
;
Zhang, Pei-Heng
;
He, Si-Min
收藏
  |  
浏览/下载:92/0
  |  
提交时间:2019/08/16
pFind-Alioth: A novel unrestricted database search algorithm to improve the interpretation of high-resolution MS/MS data (Reprinted from vol 125, pg 89-97, 2015)
期刊论文
JOURNAL OF PROTEOMICS, 2015, 卷号: 129, 页码: 33-41
作者:
Chi, Hao
;
He, Kun
;
Yang, Bing
;
Chen, Zhen
;
Sun, Rui-Xiang
;
Fan, Sheng-Bo
;
Zhang, Kun
;
Liu, Chao
;
Yuan, Zuo-Fei
;
Wang, Quan-Hui
;
Liu, Si-Qi
;
Dong, Meng-Qiu
;
He, Si-Min
收藏
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浏览/下载:59/0
  |  
提交时间:2019/12/13
Unrestricted database search
Ion index
In-depth interpretation
High resolution MS/MS
pFind-Alioth: A novel unrestricted database search algorithm to improve the interpretation of high-resolution MS/MS data
期刊论文
JOURNAL OF PROTEOMICS, 2015, 卷号: 125, 页码: 89-97
作者:
Chi, Hao
;
He, Kun
;
Yang, Bing
;
Chen, Zhen
;
Sun, Rui-Xiang
;
Fan, Sheng-Bo
;
Zhang, Kun
;
Liu, Chao
;
Yuan, Zuo-Fei
;
Wang, Quan-Hui
;
Liu, Si-Qi
;
Dong, Meng-Qiu
;
He, Si-Min
收藏
  |  
浏览/下载:65/0
  |  
提交时间:2019/12/13
Unrestricted database search
Ion index
In-depth interpretation
High resolution MS/MS
Accelerating the scoring module of mass spectrometry-based peptide identification using GPUs
期刊论文
BMC Bioinformatics, 2014, 卷号: 15, 期号: 1
作者:
Li,You
;
Chi,Hao
;
Xia,Leihao
;
Chu,Xiaowen
收藏
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浏览/下载:49/0
  |  
提交时间:2019/08/16