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中国科学院计算技术研究所机构知识库
Institute of Computing Technology, Chinese Academy IR
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pValid 2: A deep learning based validation method for peptide identification in shotgun proteomics with increased discriminating power
期刊论文
JOURNAL OF PROTEOMICS, 2022, 卷号: 251, 页码: 9
作者:
Zhou, Wen-Jing
;
Wei, Zhuo-Hong
;
He, Si-Min
;
Chi, Hao
收藏
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浏览/下载:41/0
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提交时间:2022/06/21
Proteomics
Tandem mass spectrometry
Retention time
Validation method
Deep learning
pValid: Validation Beyond the Target-Decoy Approach for Peptide Identification in Shotgun Proteomics
期刊论文
JOURNAL OF PROTEOME RESEARCH, 2019, 卷号: 18, 期号: 7, 页码: 2747-2758
作者:
Zhou, Wen-Jing
;
Yang, Hao
;
Zeng, Wen-Feng
;
Zhang, Kun
;
Chi, Hao
;
He, Si-Min
收藏
  |  
浏览/下载:256/0
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提交时间:2019/08/16
tandem mass spectrometry
target-decoy approach
validation methods
false-positive rate
false-negative rate
pSite: Amino Acid Confidence Evaluation for Quality Control of De Novo Peptide Sequencing and Modification Site Localization
期刊论文
JOURNAL OF PROTEOME RESEARCH, 2018, 卷号: 17, 期号: 1, 页码: 119-128
作者:
Yang, Hao
;
Chi, Hao
;
Zhou, Wen-Jing
;
Zeng, Wen-Feng
;
Liu, Chao
;
Wang, Rui-Min
;
Wang, Zhao-Wei
;
Niu, Xiu-Nan
;
Chen, Zhen-Lin
;
He, Si-Min
收藏
  |  
浏览/下载:82/0
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提交时间:2019/12/10
tandem mass spectrometry
de novo peptide sequencing
modification site localization
phosphorylation
Open-pNovo: De Novo Peptide Sequencing with Thousands of Protein Modifications
期刊论文
JOURNAL OF PROTEOME RESEARCH, 2017, 卷号: 16, 期号: 2, 页码: 645-654
作者:
Yang, Hao
;
Chi, Hao
;
Zhou, Wen-Jing
;
Zeng, Wen-Feng
;
He, Kun
;
Liu, Chao
;
Sun, Rui-Xiang
;
He, Si-Min
收藏
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浏览/下载:58/0
  |  
提交时间:2019/12/12
tandem mass spectrometry
de novo peptide sequencing
dynamic programming
unexpected modifications
Top-down Proteomics: The Large-scale Proteoform Identification
期刊论文
PROGRESS IN BIOCHEMISTRY AND BIOPHYSICS, 2015, 卷号: 42, 期号: 2, 页码: 101
作者:
Sun RX(孙瑞祥)
;
Luo L(罗兰)
;
Chi H(迟浩)
;
Liu C(刘超)
;
He SM(贺思敏)
收藏
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浏览/下载:14/0
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提交时间:2023/12/04
DISSOCIATION MASS-SPECTROMETRY
ELECTRON-CAPTURE DISSOCIATION
CHARGED PROTEIN CATIONS
INTACT PROTEINS
BOTTOM-UP
PEPTIDE IDENTIFICATION
MONOCLONAL-ANTIBODIES
STRUCTURAL-ANALYSIS
MEMBRANE-PROTEINS
YEAST PROTEOME
top-down proteomics
tandem mass spectrometry
bioinformatics
protein identification
pNovo: De novo Peptide Sequencing and Identification Using HCD Spectra
期刊论文
JOURNAL OF PROTEOME RESEARCH, 2010, 卷号: 9, 期号: 5, 页码: 2713-2724
作者:
Chi, Hao
;
Sun, Rui-Xiang
;
Yang, Bing
;
Song, Chun-Qing
;
Wang, Le-Heng
;
Liu, Chao
;
Fu, Yan
;
Yuan, Zuo-Fei
;
Wang, Hai-Peng
;
He, Si-Min
;
Dong, Meng-Qiu
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浏览/下载:67/0
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提交时间:2019/12/16
tandem mass spectrometry
HCD
de novo sequencing
pNovo
ECD/ETD-based Tandem Mass Spectrometry in Proteomics
期刊论文
PROGRESS IN BIOCHEMISTRY AND BIOPHYSICS, 2010, 卷号: 37, 期号: 1, 页码: 94-102
作者:
Sun Rui-Xiang
;
Dong Meng-Qiu
;
Chi Hao
;
Yang Bing
;
Xiu Li-Yun
;
Wang Le-Heng
;
Fu Yan
;
He Si-Min
收藏
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浏览/下载:66/0
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提交时间:2019/12/16
electron capture dissociation
electron transfer dissociation
collision induced dissociation
tandem mass spectrometry
computational proteomics