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中国科学院计算技术研究所机构知识库
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Improved Denoising of Cryo-Electron Microscopy Micrographs with Simulation-Aware Pretraining
期刊论文
JOURNAL OF COMPUTATIONAL BIOLOGY, 2024, 页码: 12
作者:
Yang, Zhidong
;
Li, Hongjia
;
Zang, Dawei
;
Han, Renmin
;
Zhang, Fa
收藏
  |  
浏览/下载:1/0
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提交时间:2024/12/06
cryo-EM
image denoising
noise simulation and deep learning
MarkerDetector: A method for robust fiducial marker detection in electron micrographs using wavelet-based template
期刊论文
JOURNAL OF STRUCTURAL BIOLOGY, 2024, 卷号: 216, 期号: 1, 页码: 13
作者:
Hou, Gaoxin
;
Yang, Zhidong
;
Zang, Dawei
;
Fernandez, Jose-Jesus
;
Zhang, Fa
;
Han, Renmin
收藏
  |  
浏览/下载:13/0
  |  
提交时间:2024/05/20
Electron microscopy
Wavelet transform
Template matching
Fiducial marker detection
Self-supervised noise modeling and sparsity guided electron tomography volumetric image denoising
期刊论文
ULTRAMICROSCOPY, 2024, 卷号: 255, 页码: 11
作者:
Yang, Zhidong
;
Zang, Dawei
;
Li, Hongjia
;
Zhang, Zhao
;
Zhang, Fa
;
Han, Renmin
收藏
  |  
浏览/下载:11/0
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提交时间:2024/05/20
Electron tomography
Image denoising
Self-supervised learning
HycDemux: a hybrid unsupervised approach for accurate barcoded sample demultiplexing in nanopore sequencing
期刊论文
GENOME BIOLOGY, 2023, 卷号: 24, 期号: 1, 页码: 29
作者:
Han, Renmin
;
Qi, Junhai
;
Xue, Yang
;
Sun, Xiujuan
;
Zhang, Fa
;
Gao, Xin
;
Li, Guojun
收藏
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浏览/下载:23/0
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提交时间:2023/12/04
Nanopore sequencing
Demultiplexing
Clustering
Correction of image distortion in large-field ssEM stitching by an unsupervised intermediate-space solving network
期刊论文
BIOINFORMATICS, 2022, 卷号: 38, 期号: 20, 页码: 4797-4805
作者:
He, Bintao
;
Zhang, Yan
;
Zhang, Fa
;
Han, Renmin
收藏
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浏览/下载:19/0
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提交时间:2023/07/12
Noise-Transfer2Clean: denoising cryo-EM images based on noise modeling and transfer
期刊论文
BIOINFORMATICS, 2022, 页码: 8
作者:
Li, Hongjia
;
Zhang, Hui
;
Wan, Xiaohua
;
Yang, Zhidong
;
Li, Chengmin
;
Li, Jintao
;
Han, Renmin
;
Zhu, Ping
;
Zhang, Fa
收藏
  |  
浏览/下载:28/0
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提交时间:2022/12/07
Macromolecules Structural Classification With a 3D Dilated Dense Network in Cryo-Electron Tomography
期刊论文
IEEE-ACM TRANSACTIONS ON COMPUTATIONAL BIOLOGY AND BIOINFORMATICS, 2022, 卷号: 19, 期号: 1, 页码: 209-219
作者:
Gao, Shan
;
Han, Renmin
;
Zeng, Xiangrui
;
Liu, Zhiyong
;
Xu, Min
;
Zhang, Fa
收藏
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浏览/下载:24/0
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提交时间:2022/12/07
Cryo-electron tomography
image classification
convolution neural network
A novel constrained reconstruction model towards high-resolution subtomogram averaging
期刊论文
BIOINFORMATICS, 2021, 卷号: 37, 期号: 11, 页码: 1616-1626
作者:
Han, Renmin
;
Li, Lun
;
Yang, Peng
;
Zhang, Fa
;
Gao, Xin
收藏
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浏览/下载:37/0
  |  
提交时间:2021/12/01
Compressed sensing improved iterative reconstruction-reprojection algorithm for electron tomography
期刊论文
BMC BIOINFORMATICS, 2020, 卷号: 21, 页码: 19
作者:
Li, Lun
;
Han, Renmin
;
Zhang, Zhaotian
;
Guo, Tiande
;
Liu, Zhiyong
;
Zhang, Fa
收藏
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浏览/下载:35/0
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提交时间:2021/12/01
Electron tomography
Compressed sensing
Matching pursuit
Iterative reconstruction-reprojection
PIXER: an automated particle-selection method based on segmentation using a deep neural network
期刊论文
BMC BIOINFORMATICS, 2019, 卷号: 20, 页码: 14
作者:
Zhang, Jingrong
;
Wang, Zihao
;
Chen, Yu
;
Han, Renmin
;
Liu, Zhiyong
;
Sun, Fei
;
Zhang, Fa
收藏
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浏览/下载:83/0
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提交时间:2019/04/03
Cryo-electron microscope
Single-particle analysis
Deep learning
Particle selection
Segmentation