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中国科学院计算技术研究所机构知识库
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作者:Bu, Dongbo
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SASA-Net: A Spatial-Aware Self-Attention Mechanism for Building Protein 3D Structure Directly From Inter- Residue Distances
期刊论文
IEEE-ACM TRANSACTIONS ON COMPUTATIONAL BIOLOGY AND BIOINFORMATICS, 2023, 卷号: 20, 期号: 6, 页码: 3482-3488
作者:
Gong, Tiansu
;
Ju, Fusong
;
Sun, Shiwei
;
Bu, Dongbo
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  |  
浏览/下载:7/0
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提交时间:2024/05/20
Deep learning
protein structure prediction
Protein Structure Prediction: Challenges, Advances, and the Shift of Research Paradigms
期刊论文
GENOMICS PROTEOMICS & BIOINFORMATICS, 2023, 卷号: 21, 期号: 5, 页码: 913-925
作者:
Huang, Bin
;
Kong, Lupeng
;
Wang, Chao
;
Ju, Fusong
;
Zhang, Qi
;
Zhu, Jianwei
;
Gong, Tiansu
;
Zhang, Haicang
;
Yu, Chungong
;
Zheng, Wei-Mou
;
Bu, Dongbo
收藏
  |  
浏览/下载:3/0
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提交时间:2024/05/20
Protein folding
Protein structure prediction
Deep learning
Transformer
Language model
ProALIGN: Directly Learning Alignments for Protein Structure Prediction via Exploiting Context-Specific Alignment Motifs
期刊论文
JOURNAL OF COMPUTATIONAL BIOLOGY, 2022, 页码: 14
作者:
Kong, Lupeng
;
Ju, Fusong
;
Zheng, Wei-mou
;
Zhu, Jianwei
;
Sun, Shiwei
;
Xu, Jinbo
;
Bu, Dongbo
收藏
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浏览/下载:19/0
  |  
提交时间:2022/12/07
deep learning and protein threading
protein alignment
protein structure prediction
FALCON2: a web server for high-quality prediction of protein tertiary structures
期刊论文
BMC BIOINFORMATICS, 2021, 卷号: 22, 期号: 1, 页码: 14
作者:
Kong, Lupeng
;
Ju, Fusong
;
Zhang, Haicang
;
Sun, Shiwei
;
Bu, Dongbo
收藏
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浏览/下载:38/0
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提交时间:2021/12/01
Protein structure prediction
Template-based modeling
Ab initio prediction
Protein structure prediction web service
Predicting protein inter-residue contacts using composite likelihood maximization and deep learning
期刊论文
BMC BIOINFORMATICS, 2019, 卷号: 20, 期号: 1, 页码: 11
作者:
Zhang, Haicang
;
Zhang, Qi
;
Ju, Fusong
;
Zhu, Jianwei
;
Gao, Yujuan
;
Xie, Ziwei
;
Deng, Minghua
;
Sun, Shiwei
;
Zheng, Wei-Mou
;
Bu, Dongbo
收藏
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浏览/下载:47/0
  |  
提交时间:2020/12/10
Residue-residue contacts prediction
Deep learning
Markov random fields
Composite likelihood maximization
Predicting human contacts through alternating direction method of multipliers
期刊论文
INTERNATIONAL JOURNAL OF MODERN PHYSICS C, 2019, 卷号: 30, 期号: 7, 页码: 18
作者:
Huang, Chunlin
;
Bu, Dongbo
收藏
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浏览/下载:72/0
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提交时间:2019/12/10
Human contact prediction
alternating direction method of multipliers
periodicity
Constructing effective energy functions for protein structure prediction through broadening attraction-basin and reverse Monte Carlo sampling
期刊论文
BMC BIOINFORMATICS, 2019, 卷号: 20, 页码: 10
作者:
Wang, Chao
;
Wei, Yi
;
Zhang, Haicang
;
Kong, Lupeng
;
Sun, Shiwei
;
Zheng, Wei-Mou
;
Bu, Dongbo
收藏
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浏览/下载:81/0
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提交时间:2019/08/16
Protein structure prediction
Energy function
Attraction-basin
Reverse Monte Carlo sampling
Monte Carlo search
Linear program
TagDict: Prediction of Theoretical Spectra of Peptides Based on A Tag Dictionary
期刊论文
CURRENT BIOINFORMATICS, 2018, 卷号: 13, 期号: 5, 页码: 444-449
作者:
Wang, Yaojun
;
Zhang, Jingwei
;
Bu, Dongbo
;
Sun, Shiwei
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浏览/下载:67/0
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提交时间:2019/12/10
Mass spectrometry
theoretical spectrum prediction
database search
peptide identification
TagDict
MassAnalyzer
Improving residue-residue contact prediction via low-rank and sparse decomposition of residue correlation matrix
期刊论文
BIOCHEMICAL AND BIOPHYSICAL RESEARCH COMMUNICATIONS, 2016, 卷号: 472, 期号: 1, 页码: 217-222
作者:
Zhang, Haicang
;
Gao, Yujuan
;
Deng, Minghua
;
Wang, Chao
;
Zhu, Jianwei
;
Li, Shuai Cheng
;
Zheng, Wei-Mou
;
Bu, Dongbo
收藏
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浏览/下载:62/0
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提交时间:2019/12/13
Protein contacts prediction
Correlation analysis
Background correlation removal
Low-rank and sparse matrix decomposition
Fragment-HMM: A new approach to protein structure prediction
期刊论文
PROTEIN SCIENCE, 2008, 卷号: 17, 期号: 11, 页码: 1925-1934
作者:
Li, Shuai Cheng
;
Bu, Dongbo
;
Xu, Jinbo
;
Li, Ming
收藏
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浏览/下载:43/0
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提交时间:2019/12/16
protein structure prediction
hidden Markov model
fragment assembly