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中国科学院计算技术研究所机构知识库
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中国科学院计算技术研... [9]
作者
He, Si-Min [9]
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作者:He, Si-Min分He, Si-Min
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pDeepXL: MS/MS Spectrum Prediction for Cross-Linked Peptide Pairs by Deep Learning
期刊论文
JOURNAL OF PROTEOME RESEARCH, 2021, 卷号: 20, 期号: 5, 页码: 2570-2582
作者:
Chen, Zhen-Lin
;
Mao, Peng-Zhi
;
Zeng, Wen-Feng
;
Chi, Hao
;
He, Si-Min
收藏
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浏览/下载:41/0
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提交时间:2021/12/01
cross-linking mass spectrometry
spectrum prediction
deep learning
transfer learning
online fine-tuning
Improving mass spectrometry analysis of protein structures with arginine-selective chemical cross-linkers
期刊论文
NATURE COMMUNICATIONS, 2019, 卷号: 10, 页码: 11
作者:
Jones, Alexander X.
;
Cao, Yong
;
Tangi, Yu-Liang
;
Wang, Jian-Hua
;
Ding, Yue-He
;
Tan, Hui
;
Chen, Zhen-Lin
;
Fang, Run-Qian
;
Yin, Jili
;
Chen, Rong-Chang
;
Zhu, Xing
;
She, Yang
;
Huang, Niu
;
Shao, Feng
;
Ye, Keqiong
;
Sun, Rui-Xiang
;
He, Si-Min
;
Lei, Xiaoguang
;
Dong, Meng-Qiu
收藏
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浏览/下载:93/0
  |  
提交时间:2019/12/10
A high-speed search engine pLink 2 with systematic evaluation for proteome-scale identification of cross-linked peptides
期刊论文
NATURE COMMUNICATIONS, 2019, 卷号: 10, 页码: 12
作者:
Chen, Zhen-Lin
;
Meng, Jia-Ming
;
Cao, Yong
;
Yin, Ji-Li
;
Fang, Run-Qian
;
Fan, Sheng-Bo
;
Liu, Chao
;
Zeng, Wen-Feng
;
Ding, Yue-He
;
Tan, Dan
;
Wu, Long
;
Zhou, Wen-Jing
;
Chi, Hao
;
Sun, Rui-Xiang
;
Dong, Meng-Qiu
;
He, Si-Min
收藏
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浏览/下载:93/0
  |  
提交时间:2019/12/10
Comprehensive identification of peptides in tandem mass spectra using an efficient open search engine
期刊论文
NATURE BIOTECHNOLOGY, 2018, 卷号: 36, 期号: 11, 页码: 1059-+
作者:
Chi, Hao
;
Liu, Chao
;
Yang, Hao
;
Zeng, Wen-Feng
;
Wu, Long
;
Zhou, Wen-Jing
;
Wang, Rui-Min
;
Niu, Xiu-Nan
;
Ding, Yue-He
;
Zhang, Yao
;
Wang, Zhao-Wei
;
Chen, Zhen-Lin
;
Sun, Rui-Xiang
;
Liu, Tao
;
Tan, Guang-Ming
;
Dong, Meng-Qiu
;
Xu, Ping
;
Zhang, Pei-Heng
;
He, Si-Min
收藏
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浏览/下载:86/0
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提交时间:2019/08/16
pSite: Amino Acid Confidence Evaluation for Quality Control of De Novo Peptide Sequencing and Modification Site Localization
期刊论文
JOURNAL OF PROTEOME RESEARCH, 2018, 卷号: 17, 期号: 1, 页码: 119-128
作者:
Yang, Hao
;
Chi, Hao
;
Zhou, Wen-Jing
;
Zeng, Wen-Feng
;
Liu, Chao
;
Wang, Rui-Min
;
Wang, Zhao-Wei
;
Niu, Xiu-Nan
;
Chen, Zhen-Lin
;
He, Si-Min
收藏
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浏览/下载:74/0
  |  
提交时间:2019/12/10
tandem mass spectrometry
de novo peptide sequencing
modification site localization
phosphorylation
pFind-Alioth: A novel unrestricted database search algorithm to improve the interpretation of high-resolution MS/MS data (Reprinted from vol 125, pg 89-97, 2015)
期刊论文
JOURNAL OF PROTEOMICS, 2015, 卷号: 129, 页码: 33-41
作者:
Chi, Hao
;
He, Kun
;
Yang, Bing
;
Chen, Zhen
;
Sun, Rui-Xiang
;
Fan, Sheng-Bo
;
Zhang, Kun
;
Liu, Chao
;
Yuan, Zuo-Fei
;
Wang, Quan-Hui
;
Liu, Si-Qi
;
Dong, Meng-Qiu
;
He, Si-Min
收藏
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浏览/下载:56/0
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提交时间:2019/12/13
Unrestricted database search
Ion index
In-depth interpretation
High resolution MS/MS
pFind-Alioth: A novel unrestricted database search algorithm to improve the interpretation of high-resolution MS/MS data
期刊论文
JOURNAL OF PROTEOMICS, 2015, 卷号: 125, 页码: 89-97
作者:
Chi, Hao
;
He, Kun
;
Yang, Bing
;
Chen, Zhen
;
Sun, Rui-Xiang
;
Fan, Sheng-Bo
;
Zhang, Kun
;
Liu, Chao
;
Yuan, Zuo-Fei
;
Wang, Quan-Hui
;
Liu, Si-Qi
;
Dong, Meng-Qiu
;
He, Si-Min
收藏
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浏览/下载:62/0
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提交时间:2019/12/13
Unrestricted database search
Ion index
In-depth interpretation
High resolution MS/MS
An efficient parallelization of phosphorylated peptide and protein identification
期刊论文
RAPID COMMUNICATIONS IN MASS SPECTROMETRY, 2010, 卷号: 24, 期号: 12, 页码: 1791-1798
作者:
Wang, Leheng
;
Wang, Wenping
;
Chi, Hao
;
Wu, Yanjie
;
Li, You
;
Fu, Yan
;
Zhou, Chen
;
Sun, Ruixiang
;
Wang, Haipeng
;
Liu, Chao
;
Yuan, Zuofei
;
Xiu, Liyun
;
He, Si-Min
收藏
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浏览/下载:55/0
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提交时间:2019/12/16
FlexStem: improving predictions of RNA secondary structures with pseudoknots by reducing the search space
期刊论文
BIOINFORMATICS, 2008, 卷号: 24, 期号: 18, 页码: 1994-2001
作者:
Chen, Xiang
;
He, Si-Min
;
Bu, Dongbo
;
Zhang, Fa
;
Wang, Zhiyong
;
Chen, Runsheng
;
Gao, Wen
收藏
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浏览/下载:41/0
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提交时间:2019/12/16