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中国科学院计算技术研究所机构知识库
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Many-core acceleration of the first-principles all-electron quantum perturbation calculations
期刊论文
COMPUTER PHYSICS COMMUNICATIONS, 2021, 卷号: 267, 页码: 8
作者:
Shang, Honghui
;
Duan, Xiaohui
;
Li, Fang
;
Zhang, Libo
;
Xu, Zhiqian
;
Liu, Kan
;
Luo, Haiwen
;
Ji, Yingrui
;
Zhao, Wenxuan
;
Xue, Wei
;
Chen, Li
;
Zhang, Yunquan
收藏
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浏览/下载:38/0
  |  
提交时间:2021/12/01
Density-functional perturbation theory
Many-core architecture
Linear scaling
MPI
Numeric atomic orbitals
Improve the Resolution and Parallel Performance of the Three-Dimensional Refine Algorithm in RELION Using CUDA and MPI
期刊论文
IEEE-ACM TRANSACTIONS ON COMPUTATIONAL BIOLOGY AND BIOINFORMATICS, 2021, 卷号: 18, 期号: 2, 页码: 583-595
作者:
Zhang, Jingrong
;
Wang, Zihao
;
Liu, Zhiyong
;
Zhang, Fa
收藏
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浏览/下载:39/0
  |  
提交时间:2021/12/01
Memory management
Graphics processing units
Arrays
Statistical analysis
Three-dimensional displays
cryoEM
RELION
CUDA
statistical method
Top-k selection
Efficient parallel linear scaling method to get the response density matrix in all-electron real-space density-functional perturbation theory
期刊论文
COMPUTER PHYSICS COMMUNICATIONS, 2021, 卷号: 258, 页码: 11
作者:
Shang, Honghui
;
Liang, WanZhen
;
Zhang, Yunquan
;
Yang, Jinlong
收藏
  |  
浏览/下载:37/0
  |  
提交时间:2021/12/01
Density-functional perturbation theory
Linear scaling
MPI
Numeric atomic orbitals
Density-function theory
The dynamic parallel distribution algorithm for hybrid density-functional calculations in HONPAS package
期刊论文
COMPUTER PHYSICS COMMUNICATIONS, 2020, 卷号: 254, 页码: 9
作者:
Shang, Honghui
;
Xu, Lei
;
Wu, Baodong
;
Qin, Xinming
;
Zhang, Yunquan
;
Yang, Jinlong
收藏
  |  
浏览/下载:53/0
  |  
提交时间:2020/12/10
Density-functional theory
Hartree-Fock
Hybrid functionals
Numeric atomic orbitals
Linear scaling
MPI
Numerical optimization algorithm for unsteady flows of rotor based on web service
期刊论文
INTELLIGENT AUTOMATION AND SOFT COMPUTING, 2019, 卷号: 25, 期号: 3, 页码: 527-546
作者:
Zhang, Jilin
;
Liu, Xuechao
;
Wan, Jian
;
Ren, Yongjian
;
Xu, Binglin
;
He, Jianfan
;
Fan, Yuchen
;
Zhou, Li
;
Wei, Zhenguo
;
Zhang, Juncong
;
Wang, Jue
收藏
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浏览/下载:477/0
  |  
提交时间:2019/12/10
Service-oriented
LU-SGS
MPI
METIS
Load Balancing
Fine-grained alignment of cryo-electron subtomograms based on MPI parallel optimization
期刊论文
BMC BIOINFORMATICS, 2019, 卷号: 20, 期号: 1, 页码: 13
作者:
Lu, Yongchun
;
Zeng, Xiangrui
;
Zhao, Xiaofang
;
Li, Shirui
;
Li, Hua
;
Gao, Xin
;
Xu, Min
收藏
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浏览/下载:78/0
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提交时间:2019/12/10
Stochastic average gradient
Fine-grained alignment
Cryo-ET
MPI
Context-adaptive matching for optical flow
期刊论文
MULTIMEDIA TOOLS AND APPLICATIONS, 2019, 卷号: 78, 期号: 1, 页码: 641-659
作者:
Zu, Yueran
;
Tang, Wenzhong
;
Bao, Xiuguo
;
Wang, Yanyang
;
Gao, Ke
收藏
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浏览/下载:78/0
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提交时间:2019/04/03
Optical flow
PatchMatch
Edge preserving
Large displacement
Cache-Oblivious MPI All-to-All Communications Based on Morton Order
期刊论文
IEEE TRANSACTIONS ON PARALLEL AND DISTRIBUTED SYSTEMS, 2018, 卷号: 29, 期号: 3, 页码: 542-555
作者:
Li, Shigang
;
Zhang, Yunquan
;
Hoefler, Torsten
收藏
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浏览/下载:52/0
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提交时间:2019/12/10
cache-oblivious algorithms
collective communication
NUMA
MPI_Alltoall
MPI_Allgather
neighborhood collectives
Study of parallel programming models on computer clusters with Intel MIC coprocessors
期刊论文
INTERNATIONAL JOURNAL OF HIGH PERFORMANCE COMPUTING APPLICATIONS, 2017, 卷号: 31, 期号: 4, 页码: 303-315
作者:
Huang, Miaoqing
;
Lai, Chenggang
;
Shi, Xuan
;
Hao, Zhijun
;
You, Haihang
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浏览/下载:44/0
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提交时间:2019/12/12
parallel programming model
Intel MIC processor
MPI
OpenMP
performance evaluation
SuperDragon: A Heterogeneous Parallel System for Accelerating 3D Reconstruction of Cryo-Electron Microscopy Images
期刊论文
ACM TRANSACTIONS ON RECONFIGURABLE TECHNOLOGY AND SYSTEMS, 2015, 卷号: 8, 期号: 4, 页码: 22
作者:
Tan, Guangming
;
Zhang, Chunming
;
Wang, Wendi
;
Zhang, Peiheng
收藏
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浏览/下载:46/0
  |  
提交时间:2019/12/13
Design
Performance
Cryo-EM
3D reconstruction
heterogeneous
FPGA