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中国科学院计算技术研究所机构知识库
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Predicting protein inter-residue contacts using composite likelihood maximization and deep learning
期刊论文
BMC BIOINFORMATICS, 2019, 卷号: 20, 期号: 1, 页码: 11
作者:
Zhang, Haicang
;
Zhang, Qi
;
Ju, Fusong
;
Zhu, Jianwei
;
Gao, Yujuan
;
Xie, Ziwei
;
Deng, Minghua
;
Sun, Shiwei
;
Zheng, Wei-Mou
;
Bu, Dongbo
收藏
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浏览/下载:53/0
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提交时间:2020/12/10
Residue-residue contacts prediction
Deep learning
Markov random fields
Composite likelihood maximization
Predicting human contacts through alternating direction method of multipliers
期刊论文
INTERNATIONAL JOURNAL OF MODERN PHYSICS C, 2019, 卷号: 30, 期号: 7, 页码: 18
作者:
Huang, Chunlin
;
Bu, Dongbo
收藏
  |  
浏览/下载:78/0
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提交时间:2019/12/10
Human contact prediction
alternating direction method of multipliers
periodicity
Toward Automated Identification of Glycan Branching Patterns Using Multistage Mass Spectrometry with Intelligent Precursor Selection
期刊论文
ANALYTICAL CHEMISTRY, 2018, 卷号: 90, 期号: 24, 页码: 14412-14422
作者:
Sun, Shiwei
;
Huang, Chuncui
;
Wang, Yaojun
;
Liu, Yaming
;
Zhang, Jingwei
;
Zhou, Jinyu
;
Gao, Feng
;
Yang, Fei
;
Chen, Runsheng
;
Mulloy, Barbara
;
Chai, Wengang
;
Li, Yan
;
Bu, Dongbo
收藏
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浏览/下载:261/0
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提交时间:2019/04/03
TagDict: Prediction of Theoretical Spectra of Peptides Based on A Tag Dictionary
期刊论文
CURRENT BIOINFORMATICS, 2018, 卷号: 13, 期号: 5, 页码: 444-449
作者:
Wang, Yaojun
;
Zhang, Jingwei
;
Bu, Dongbo
;
Sun, Shiwei
收藏
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浏览/下载:73/0
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提交时间:2019/12/10
Mass spectrometry
theoretical spectrum prediction
database search
peptide identification
TagDict
MassAnalyzer
Improving protein fold recognition by extracting fold-specific features from predicted residue-residue contacts
期刊论文
BIOINFORMATICS, 2017, 卷号: 33, 期号: 23, 页码: 3749-3757
作者:
Zhu, Jianwei
;
Zhang, Haicang
;
Li, Shuai Cheng
;
Wang, Chao
;
Kong, Lupeng
;
Sun, Shiwei
;
Zheng, Wei-Mou
;
Bu, Dongbo
收藏
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浏览/下载:63/0
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提交时间:2019/12/10
Survey on Algorithms for Tandem Mass Spectrometry Oligosaccharide Identification
期刊论文
PROGRESS IN BIOCHEMISTRY AND BIOPHYSICS, 2017, 卷号: 44, 期号: 10, 页码: 830-847
作者:
Wang Yao-Jun
;
Huang Chun-Cui
;
Gao Feng
;
Zhang Jing-Wei
;
Li Yan
;
Bu Dong-Bo
;
Sun Shi-Wei
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浏览/下载:74/0
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提交时间:2019/12/12
mass spectrometry
oligosaccharide
algorithm
oligosaccharide identification
Improving prediction of burial state of residues by exploiting correlation among residues
期刊论文
BMC BIOINFORMATICS, 2017, 卷号: 18, 页码: 11
作者:
Gong, Hai'e
;
Zhang, Haicang
;
Zhu, Jianwei
;
Wang, Chao
;
Sun, Shiwei
;
Zheng, Wei-Mou
;
Bu, Dongbo
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浏览/下载:64/0
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提交时间:2019/12/12
Protein structure
Burial states of residue
Conditional random field
Residue correlation
Insights into the transmission of respiratory infectious diseases through empirical human contact networks
期刊论文
SCIENTIFIC REPORTS, 2016, 卷号: 6, 页码: 11
作者:
Huang, Chunlin
;
Liu, Xingwu
;
Sun, Shiwei
;
Li, Shuai Cheng
;
Deng, Minghua
;
He, Guangxue
;
Zhang, Haicang
;
Wang, Chao
;
Zhou, Yang
;
Zhao, Yanlin
;
Bu, Dongbo
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提交时间:2019/12/13