Smith-Waterman算法在脉动阵列上的实现及分析

	Smith-Waterman算法在脉动阵列上的实现及分析
	汪冬; 唐志敏
	2004
发表期刊	计算机学报
ISSN	0254-4164
卷号	27.0 期号:1.0 页码:12
摘要	Smith-Waterman算法是一种经典的序列比对算法，在双序列比对的情况下具有比较好的性能，但是在大规模的序列比对时，其性能并不能令人满意。脉动式阵列和Smith-Waterman算法有比较好的吻合性。该文通过在龙芯1号处理器上附加一个脉动式阵列的协处理器，构建了硬件模型。通过模拟器的验证，附加了协处理器的龙芯1号的性能与没有附加协处理器时的性能之比接近于线性。该文最后根据硬件模型和模拟器的性能数据，具体分析了系统各个方面对性能提高的影响。
关键词	Smith-Waterman算法脉动阵列序列比对算法计算机生物信息学
语种	英语
文献类型	期刊论文
条目标识符	http://119.78.100.204/handle/2XEOYT63/37062
专题	中国科学院计算技术研究所期刊论文_中文
作者单位	中国科学院计算技术研究所
第一作者单位	中国科学院计算技术研究所
推荐引用方式 GB/T 7714	汪冬,唐志敏. Smith-Waterman算法在脉动阵列上的实现及分析[J]. 计算机学报,2004,27.0(1.0):12.
APA	汪冬,&唐志敏.(2004).Smith-Waterman算法在脉动阵列上的实现及分析.计算机学报,27.0(1.0),12.
MLA	汪冬,et al."Smith-Waterman算法在脉动阵列上的实现及分析".计算机学报 27.0.1.0(2004):12.