Institute of Computing Technology, Chinese Academy IR
| RNA二级结构预测中动态规划的优化和有效并行 | |
| 谭光明; 冯圣中 | |
| 2006 | |
| 发表期刊 | 软件学报
 |
| ISSN | 1000-9825 |
| 卷号 | 17.0期号:007页码:1501 |
| 摘要 | 基于最小自由能模型的方法是计算生物学中RNA二级结构预测的主要方法,而计算最小自由能的动态规划算法需要O(n4)的时间,其中n是RNA序列的长度.目前有两种降低时间复杂度的策略:限制二级结构中内部环的大小不超过k,得到O(n2k2)算法;Lyngso方法根据环的能量规则,不限制环的大小,在O(n3)的时间内获得近似最优解.通过使用额外的O(n)的空间,计算内部环中的冗余计算大为减少,从而在同样不限制环大小的情况下,在O(n3)的时间内能够获得最优解.然而,优化后的算法仍然非常耗时,通过有效的负载平衡方法,在机群系统上实现并行程序.实验结果表明,并行程序获得了很好的加速比. |
| 关键词 | 最小自由能 动态规划 计算冗余 负载平衡 加速比 |
| 语种 | 英语 |
| 文献类型 | 期刊论文 |
| 条目标识符 | http://119.78.100.204/handle/2XEOYT63/32529 |
| 专题 | 中国科学院计算技术研究所期刊论文_中文 |
| 作者单位 | 中国科学院计算技术研究所 |
| 第一作者单位 | 中国科学院计算技术研究所 |
| 推荐引用方式 GB/T 7714 | 谭光明,冯圣中. RNA二级结构预测中动态规划的优化和有效并行[J]. 软件学报,2006,17.0(007):1501. |
| APA | 谭光明,&冯圣中.(2006).RNA二级结构预测中动态规划的优化和有效并行.软件学报,17.0(007),1501. |
| MLA | 谭光明,et al."RNA二级结构预测中动态规划的优化和有效并行".软件学报 17.0.007(2006):1501. |
| 条目包含的文件 | 条目无相关文件。 | |||||
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