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中国科学院计算技术研究所机构知识库
Institute of Computing Technology, Chinese Academy IR
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专题:中国科学院计算技术研究所期刊论文
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DeepBindBC: A practical deep learning method for identifying native-like protein-ligand complexes in virtual screening
期刊论文
METHODS, 2022, 卷号: 205, 页码: 247-262
作者:
Zhang, Haiping
;
Zhang, Tingting
;
Saravanan, Konda Mani
;
Liao, Linbu
;
Wu, Hao
;
Zhang, Haishan
;
Zhang, Huiling
;
Pan, Yi
;
Wu, Xuli
;
Wei, Yanjie
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浏览/下载:21/0
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提交时间:2023/07/12
Native like protein-ligand
Drug virtual screening
ResNet
Deep learning
Human pancreatic alpha amylase inhibitor
An Efficient Modern Strategy to Screen Drug Candidates Targeting RdRp of SARS-CoV-2 With Potentially High Selectivity and Specificity
期刊论文
FRONTIERS IN CHEMISTRY, 2022, 卷号: 10, 页码: 13
作者:
Zhang, Haiping
;
Gong, Xiaohua
;
Peng, Yun
;
Saravanan, Konda Mani
;
Bian, Hengwei
;
Zhang, John Z. H.
;
Wei, Yanjie
;
Pan, Yi
;
Yang, Yang
收藏
  |  
浏览/下载:31/0
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提交时间:2022/12/07
antiviral agent
RdRp
compound specificity estimation
virtual screening
tubeimoside III
An Integrated Deep Learning and Molecular Dynamics Simulation-Based Screening Pipeline Identifies Inhibitors of a New Cancer Drug Target TIPE2
期刊论文
FRONTIERS IN PHARMACOLOGY, 2021, 卷号: 12, 页码: 13
作者:
Zhang, Haiping
;
Li, Junxin
;
Saravanan, Konda Mani
;
Wu, Hao
;
Wang, Zhichao
;
Wu, Du
;
Wei, Yanjie
;
Lu, Zhen
;
Chen, Youhai H.
;
Wan, Xiaochun
;
Pan, Yi
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提交时间:2022/06/21
TIPE2
UM-164
virtual screening
deep learning
molecular dynamics simulation
A novel virtual screening procedure identifies Pralatrexate as inhibitor of SARS-CoV-2 RdRp and it reduces viral replication in vitro
期刊论文
PLOS COMPUTATIONAL BIOLOGY, 2020, 卷号: 16, 期号: 12, 页码: 20
作者:
Zhang, Haiping
;
Yang, Yang
;
Li, Junxin
;
Wang, Min
;
Saravanan, Konda Mani
;
Wei, Jinli
;
Ng, Justin Tze-Yang
;
Hossain, Md Tofazzal
;
Liu, Maoxuan
;
Zhang, Huiling
;
Ren, Xiaohu
;
Pan, Yi
;
Peng, Yin
;
Shi, Yi
;
Wan, Xiaochun
;
Liu, Yingxia
;
Wei, Yanjie
收藏
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浏览/下载:46/0
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提交时间:2021/12/01
Structural basis for the inhibition of SARS-CoV2 main protease by Indian medicinal plant-derived antiviral compounds
期刊论文
JOURNAL OF BIOMOLECULAR STRUCTURE & DYNAMICS, 2020, 页码: 9
作者:
Saravanan, Konda Mani
;
Zhang, Haiping
;
Senthil, Renganathan
;
Vijayakumar, Kevin Kumar
;
Sounderrajan, Vignesh
;
Wei, Yanjie
;
Shakila, Harshavardhan
收藏
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浏览/下载:104/0
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提交时间:2020/12/10
SARS-CoV2
main protease
medicinal plants
molecular docking and dynamics
drug design
FastNBL: fast neighbor lists establishment for molecular dynamics simulation based on bitwise operations
期刊论文
JOURNAL OF SUPERCOMPUTING, 2020, 卷号: 76, 期号: 7, 页码: 5501-5520
作者:
Li, Kun
;
Li, Shigang
;
Huang, Shan
;
Chen, Yifeng
;
Zhang, Yunquan
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浏览/下载:56/0
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提交时间:2020/12/10
Neighbor list
Bitwise operations
SIMD
Molecular dynamics
FastNBL: fast neighbor lists establishment for molecular dynamics simulation based on bitwise operations (vol 457, pg 235, 2020)
期刊论文
JOURNAL OF SUPERCOMPUTING, 2019, 卷号: 75, 期号: 12, 页码: 8339-8340
作者:
Li, Kun
;
Li, Shigang
;
Huang, Shan
;
Chen, Yifeng
;
Zhang, Yunquan
收藏
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浏览/下载:54/0
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提交时间:2020/12/10