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SASA-Net: A Spatial-Aware Self-Attention Mechanism for Building Protein 3D Structure Directly From Inter- Residue Distances 期刊论文
IEEE-ACM TRANSACTIONS ON COMPUTATIONAL BIOLOGY AND BIOINFORMATICS, 2023, 卷号: 20, 期号: 6, 页码: 3482-3488
作者:  Gong, Tiansu;  Ju, Fusong;  Sun, Shiwei;  Bu, Dongbo
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Deep learning  protein structure prediction  
FALCON2: a web server for high-quality prediction of protein tertiary structures 期刊论文
BMC BIOINFORMATICS, 2021, 卷号: 22, 期号: 1, 页码: 14
作者:  Kong, Lupeng;  Ju, Fusong;  Zhang, Haicang;  Sun, Shiwei;  Bu, Dongbo
收藏  |  浏览/下载:37/0  |  提交时间:2021/12/01
Protein structure prediction  Template-based modeling  Ab initio prediction  Protein structure prediction web service  
Constructing effective energy functions for protein structure prediction through broadening attraction-basin and reverse Monte Carlo sampling 期刊论文
BMC BIOINFORMATICS, 2019, 卷号: 20, 页码: 10
作者:  Wang, Chao;  Wei, Yi;  Zhang, Haicang;  Kong, Lupeng;  Sun, Shiwei;  Zheng, Wei-Mou;  Bu, Dongbo
收藏  |  浏览/下载:80/0  |  提交时间:2019/08/16
Protein structure prediction  Energy function  Attraction-basin  Reverse Monte Carlo sampling  Monte Carlo search  Linear program  
无权访问的条目 学位论文
作者:  李慧
Adobe PDF(3423Kb)  |  收藏  |  浏览/下载:0/0  |  提交时间:2018/07/02
Construction of ground-state preserving sparse lattice models for predictive materials simulations 期刊论文
NPJ COMPUTATIONAL MATERIALS, 2017, 卷号: 3, 页码: 9
作者:  Huang, Wenxuan;  Urban, Alexander;  Rong, Ziqin;  Ding, Zhiwei;  Luo, Chuan;  Ceder, Gerbrand
收藏  |  浏览/下载:50/0  |  提交时间:2019/12/10
无权访问的条目 学位论文
作者:  王超
Adobe PDF(5852Kb)  |  收藏  |  浏览/下载:0/0  |  提交时间:2016/06/24
无权访问的条目 学位论文
作者:  巩海娥
Adobe PDF(3913Kb)  |  收藏  |  浏览/下载:0/0  |  提交时间:2016/06/28
COMSAT: Residue contact prediction of transmembrane proteins based on support vector machines and mixed integer linear programming 期刊论文
PROTEINS-STRUCTURE FUNCTION AND BIOINFORMATICS, 2016, 卷号: 84, 期号: 3, 页码: 332-348
作者:  Zhang, Huiling;  Huang, Qingsheng;  Bei, Zhendong;  Wei, Yanjie;  Floudas, Christodoulos A.
收藏  |  浏览/下载:40/0  |  提交时间:2019/12/13
protein structure prediction  hybrid framework  machine learning  ab initio prediction  MILP  
无权访问的条目 学位论文
作者:  张昆
Adobe PDF(6394Kb)  |  收藏  |  浏览/下载:0/0  |  提交时间:2016/01/28
无权访问的条目 学位论文
作者:  卜德超
Adobe PDF(5265Kb)  |  收藏  |  浏览/下载:0/0  |  提交时间:2015/07/13