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中国科学院计算技术研究所机构知识库
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作者:Chen, Zhen-Lin分Chen, Zhen-Lin
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Comparative Analysis of Chemical Cross-Linking Mass Spectrometry Data Indicates That Protein STY Residues Rarely React with N-Hydroxysuccinimide Ester Cross-Linkers
期刊论文
JOURNAL OF PROTEOME RESEARCH, 2023, 卷号: 22, 期号: 8, 页码: 2593-2607
作者:
Cao, Yong
;
Liu, Xin-Tong
;
Mao, Peng-Zhi
;
Chen, Zhen-Lin
;
Tarn, Ching
;
Dong, Meng-Qiu
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提交时间:2023/12/04
CXMS
XL-MS
NHS ester cross-linker
pLink
xiSearch
MeroX
pDeepXL: MS/MS Spectrum Prediction for Cross-Linked Peptide Pairs by Deep Learning
期刊论文
JOURNAL OF PROTEOME RESEARCH, 2021, 卷号: 20, 期号: 5, 页码: 2570-2582
作者:
Chen, Zhen-Lin
;
Mao, Peng-Zhi
;
Zeng, Wen-Feng
;
Chi, Hao
;
He, Si-Min
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浏览/下载:40/0
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提交时间:2021/12/01
cross-linking mass spectrometry
spectrum prediction
deep learning
transfer learning
online fine-tuning
Improving mass spectrometry analysis of protein structures with arginine-selective chemical cross-linkers
期刊论文
NATURE COMMUNICATIONS, 2019, 卷号: 10, 页码: 11
作者:
Jones, Alexander X.
;
Cao, Yong
;
Tangi, Yu-Liang
;
Wang, Jian-Hua
;
Ding, Yue-He
;
Tan, Hui
;
Chen, Zhen-Lin
;
Fang, Run-Qian
;
Yin, Jili
;
Chen, Rong-Chang
;
Zhu, Xing
;
She, Yang
;
Huang, Niu
;
Shao, Feng
;
Ye, Keqiong
;
Sun, Rui-Xiang
;
He, Si-Min
;
Lei, Xiaoguang
;
Dong, Meng-Qiu
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提交时间:2019/12/10
A high-speed search engine pLink 2 with systematic evaluation for proteome-scale identification of cross-linked peptides
期刊论文
NATURE COMMUNICATIONS, 2019, 卷号: 10, 页码: 12
作者:
Chen, Zhen-Lin
;
Meng, Jia-Ming
;
Cao, Yong
;
Yin, Ji-Li
;
Fang, Run-Qian
;
Fan, Sheng-Bo
;
Liu, Chao
;
Zeng, Wen-Feng
;
Ding, Yue-He
;
Tan, Dan
;
Wu, Long
;
Zhou, Wen-Jing
;
Chi, Hao
;
Sun, Rui-Xiang
;
Dong, Meng-Qiu
;
He, Si-Min
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浏览/下载:92/0
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提交时间:2019/12/10
pSite: Amino Acid Confidence Evaluation for Quality Control of De Novo Peptide Sequencing and Modification Site Localization
期刊论文
JOURNAL OF PROTEOME RESEARCH, 2018, 卷号: 17, 期号: 1, 页码: 119-128
作者:
Yang, Hao
;
Chi, Hao
;
Zhou, Wen-Jing
;
Zeng, Wen-Feng
;
Liu, Chao
;
Wang, Rui-Min
;
Wang, Zhao-Wei
;
Niu, Xiu-Nan
;
Chen, Zhen-Lin
;
He, Si-Min
收藏
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浏览/下载:73/0
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提交时间:2019/12/10
tandem mass spectrometry
de novo peptide sequencing
modification site localization
phosphorylation