Institute of Computing Technology, Chinese Academy IR
| 基于曙光4000A的BLAST并行算法 | |
| 谭光明1; 徐琳2; 周幼英3; 冯圣中4 | |
| 2006 | |
| 发表期刊 | 计算机工程
 |
| ISSN | 1000-3428 |
| 卷号 | 32.0期号:010页码:45 |
| 摘要 | 对BLAST启发式算法的实现做了优化:引入批处理的概念、并对整个库文件建立哈希表,实现了I/O延迟掩藏,提高了整个比对过程的速度,同时降低了内存消耗。优化的算法有利于并行化的实现:在并行系统中,将库文件广播到各个计算节点,由节点在局部分别建立哈希表。然后将查询文件分割发送到各个计算节点并行比对,计算结果可以在节点直接输出,不需要主结点收集,减少了通信开销。 |
| 关键词 | BLAST 批处理 并行 集群 曙光4000A |
| 语种 | 英语 |
| 文献类型 | 期刊论文 |
| 条目标识符 | http://119.78.100.204/handle/2XEOYT63/35042 |
| 专题 | 中国科学院计算技术研究所期刊论文_中文 |
| 作者单位 | 1.中国科学院计算技术研究所 2.解放军广州军区广州总医院 3.浙江大学 4.中国科学院 |
| 第一作者单位 | 中国科学院计算技术研究所 |
| 推荐引用方式 GB/T 7714 | 谭光明,徐琳,周幼英,等. 基于曙光4000A的BLAST并行算法[J]. 计算机工程,2006,32.0(010):45. |
| APA | 谭光明,徐琳,周幼英,&冯圣中.(2006).基于曙光4000A的BLAST并行算法.计算机工程,32.0(010),45. |
| MLA | 谭光明,et al."基于曙光4000A的BLAST并行算法".计算机工程 32.0.010(2006):45. |
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