Institute of Computing Technology, Chinese Academy IR
| 存储约束条件下的序列联配算法 | |
| 李昭; 杨琪; 祝明发 | |
| 2002 | |
| 发表期刊 | 微电子学与计算机
 |
| ISSN | 1000-7180 |
| 卷号 | 19.0期号:006页码:1 |
| 摘要 | 序列联配法是和信息处理中非常重要的一类算法，最基本的序列联配算法是动态规划算法，其时间和空间复杂度都为O（m×n)，（其中m和n为两序列的长度）。实际应用中，该算法的空间复杂度是限制问题规模的瓶颈。Hirschberg在1975提出的算法减少了序列联配问题的空间需要，其空间复杂度为O(m+1), 但是Hirschberg算法的时间需求是基本动态规划算法的两倍，文章提出一种新的序列联配算法Fast Alignment(FA),FA算法的时间复杂度和空间复杂度介于基本动态规算法和Hirschberg算法之间，通过对算法参数k的调节，可以获得在不同存储条件下最小序列联配问题解决时间。 |
| 关键词 | 存储约束条件 序列联配算法 生物信息处理 Hirschberg算法 动态规划算法 线性空间 计算机 |
| 语种 | 英语 |
| 文献类型 | 期刊论文 |
| 条目标识符 | http://119.78.100.204/handle/2XEOYT63/34284 |
| 专题 | 中国科学院计算技术研究所期刊论文_中文 |
| 作者单位 | 中国科学院计算技术研究所 |
| 第一作者单位 | 中国科学院计算技术研究所 |
| 推荐引用方式 GB/T 7714 | 李昭,杨琪,祝明发. 存储约束条件下的序列联配算法[J]. 微电子学与计算机,2002,19.0(006):1. |
| APA | 李昭,杨琪,&祝明发.(2002).存储约束条件下的序列联配算法.微电子学与计算机,19.0(006),1. |
| MLA | 李昭,et al."存储约束条件下的序列联配算法".微电子学与计算机 19.0.006(2002):1. |
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