Institute of Computing Technology, Chinese Academy IR
| 基于SSE2的Smith-Waterman算法 | |
| 戴正华; 张庆丹; 徐琳; 谭光明; 冯圣中 | |
| 2006 | |
| 发表期刊 | 计算机工程与应用
 |
| ISSN | 1002-8331 |
| 卷号 | 42.0期号:011页码:85 |
| 摘要 | Smith-Waterman动态规划算法是生物信息学使用最广泛的序列匹配算法,由于存在严重的数据依赖关系,该算法的细粒度数据并行性开发受到了很大限制.文章从简化数据依赖关系出发,采用前驱计算思想,提出了基于X86处理器多媒体指令集SSE2的Smith-Waterman细粒度并行算法SWSSE2,在相似性显著的情况下比普通的SW算法性能提高5倍,且与测试集无关.一般相似性不显著的情形下,同目前最好的动态规划细粒度并行算法SWMMX相比可以获得1.5倍的加速比. |
| 关键词 | Smith-Waterman 算法 细粒度并行算法 SIMD SSE2 |
| 语种 | 英语 |
| 文献类型 | 期刊论文 |
| 条目标识符 | http://119.78.100.204/handle/2XEOYT63/33431 |
| 专题 | 中国科学院计算技术研究所期刊论文_中文 |
| 作者单位 | 中国科学院计算技术研究所 |
| 第一作者单位 | 中国科学院计算技术研究所 |
| 推荐引用方式 GB/T 7714 | 戴正华,张庆丹,徐琳,等. 基于SSE2的Smith-Waterman算法[J]. 计算机工程与应用,2006,42.0(011):85. |
| APA | 戴正华,张庆丹,徐琳,谭光明,&冯圣中.(2006).基于SSE2的Smith-Waterman算法.计算机工程与应用,42.0(011),85. |
| MLA | 戴正华,et al."基于SSE2的Smith-Waterman算法".计算机工程与应用 42.0.011(2006):85. |
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