Institute of Computing Technology, Chinese Academy IR
| 单颗粒重构软件EMAN算法分析与高效并行实现 | |
| 樊莉亚; 张法; 王功明; 刘志勇 | |
| 2010 | |
| 发表期刊 | 计算机研究与发展
 |
| ISSN | 1000-1239 |
| 卷号 | 000期号:012页码:2165 |
| 摘要 | 单颗粒重构技术是确定大分子三维结构的重要手段之一.近年来,由于其本身独有的一些优点,单颗粒重构技术受到越来越广泛的关注.然而其处理过程极其耗时,并且缺少高效的并行实现,极大地限制了该技术的应用.对当今使用最广泛的单颗粒重构软件EMAN进行了性能优化及并行加速.通过分析各部分的具体算法,发现其中最核心的问题是如何在低通信开销的前提下实现负载平衡.针对这一问题,提出了自适应动态调度算法.该算法不仅适合于EMAN,同样适合于其他类似的独立任务调度问题.实际运行结果表明,经过优化的串行程序运行时间减少11.50%.由于采用了自适应动态调度算法,提供的并行实现比EMAN自带的实现具有更高的加速比,其中最耗时的分类操作加速比接近线性.在16个处理器核上的总体并行效率比EMAN自带的并行实现高29.8%.因此,提供的并行实现可有效利用计算资源,显著缩短单颗粒重构所需时间. |
| 关键词 | 生物信息 并行计算 调度算法 EMAN 单颗粒重构 |
| 语种 | 英语 |
| 文献类型 | 期刊论文 |
| 条目标识符 | http://119.78.100.204/handle/2XEOYT63/31475 |
| 专题 | 中国科学院计算技术研究所期刊论文_中文 |
| 作者单位 | 中国科学院计算技术研究所 |
| 第一作者单位 | 中国科学院计算技术研究所 |
| 推荐引用方式 GB/T 7714 | 樊莉亚,张法,王功明,等. 单颗粒重构软件EMAN算法分析与高效并行实现[J]. 计算机研究与发展,2010,000(012):2165. |
| APA | 樊莉亚,张法,王功明,&刘志勇.(2010).单颗粒重构软件EMAN算法分析与高效并行实现.计算机研究与发展,000(012),2165. |
| MLA | 樊莉亚,et al."单颗粒重构软件EMAN算法分析与高效并行实现".计算机研究与发展 000.012(2010):2165. |
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