Institute of Computing Technology, Chinese Academy IR
| 面向FPGA的RNA二级结构预测并行算法研究 | |
| 徐琳1; 李晓民2; 谭光明3; 刘新春4; 卜东波3; 冯圣中5 | |
| 2006 | |
| 发表期刊 | 计算机学报
 |
| ISSN | 0254-4164 |
| 卷号 | 29.0期号:002页码:233 |
| 摘要 | 动态规划是RNA二级结构预测最主要的算法,文中提出一种对动态规划矩阵采用分块技术的细粒度并行算法,通过对数据依赖关系的分析,引入了流水的策略,提高了算法的效率.在时钟模拟器上验证了算法的正确性,获得了一系列关于并行加速比、空泡率、存储访问带宽等问题的模拟结果,确定了FPGA PE阵列设计中的基本参数,为FPGA成功实现奠定了基础. |
| 关键词 | RNA 二级结构预测 FPGA 并行 流水 |
| 语种 | 英语 |
| 文献类型 | 期刊论文 |
| 条目标识符 | http://119.78.100.204/handle/2XEOYT63/30705 |
| 专题 | 中国科学院计算技术研究所期刊论文_中文 |
| 作者单位 | 1.解放军广州军区广州总医院 2.东北林业大学 3.中国科学院计算技术研究所 4.中国气象局乌鲁木齐沙漠气象研究所 5.中国科学院 |
| 推荐引用方式 GB/T 7714 | 徐琳,李晓民,谭光明,等. 面向FPGA的RNA二级结构预测并行算法研究[J]. 计算机学报,2006,29.0(002):233. |
| APA | 徐琳,李晓民,谭光明,刘新春,卜东波,&冯圣中.(2006).面向FPGA的RNA二级结构预测并行算法研究.计算机学报,29.0(002),233. |
| MLA | 徐琳,et al."面向FPGA的RNA二级结构预测并行算法研究".计算机学报 29.0.002(2006):233. |
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